使い捨てのスリッパを用意しておく方がよいです
夜行バスは寝ている間に移動するというのが基本です。ですから、靴を履いたままでは寝る時にもリラックス出来ません。また、車内を移動する（とはいっても、トイレに行くぐらいのはずですが）には、スリッパの方が断然楽です。
そのため、多くの夜行バスはスリッパが用意されていますが、そうでない夜行バスもあります。低価格を売りにした夜行バスにはスリッパが備え付けてない場合がありますので、スリッパを自分で用意する必要があります。
それまで履いていた靴は、他人様にももちろん、自分にもじゃまにならないよう、自分のシートの下に格納しておきます。夜行バスの種類によっては、座席下に靴を入れるスペースが設けられているものもあります。
ただ翌日、夜行バスを降車するときにスリッパから自分の靴に履き替えるのを絶対忘れないようにしてください。
あらかじめ夜行バスに用意されているスリッパには使い捨てタイプのものもありますから、そのまま履いて外に出ようと、もしかしたら誰も注意してくれないかもしれません。